Самые вероятные причины:
- Размещение в .htaccess директив не поддерживаемых сервером, либо директивы содержат ошибки;
- Права доступа на папки должны быть - 0755, рекомендованное значение на скрипты - 0600, для всех остальных файлов - 0644;
- Такая ошибка возникает в тот момент времени, когда количество запущенных Вашими скриптами процессов превышает 30 штук - система защиты сервера от перегруза не позволяет этого сделать и выдается указанная ошибка. Спустя некоторое время, когда процессы завершаются, работа сайта возвращается в обычное состояние.
Ознакомьтесь, пожалуйста, с правилами хостинга на Atlex.ru, пройдя по ссылке в части пункта: Использование предоставляемых ресурсов
Что необходимо предпринять в данном случае?
Вам необходимо оптимизировать работу скриптов и привести их в соответствие с правилами хостинга.
Для более подробного изучения поведения скриптов рекомендуем Вам установить в скриптах семафоры, которые будут выводить или записывать в файл данные о том, что происходит при работе скриптов, какие запросы исполняются и почему на выполнение запросов тратится такое большое количество системных ресурсов.